اجانب نيز از موقع استفاده نموده، مى خواستند از آب گِل آلود ماهى بگيرند و به انتشار وارد كردن قشون به ايران افكار عمومى را جلب و دولت و ملّت، هر دو دچار محذورات شده بودند. در عين حال پى به وخامت احوال برده، با عقل و تدبير و نصايح مشفقانه غائله را رفع و مردم و اهالى را كه ازدحام و اجتماع تمام كرده بودند، متفرّق نمودند.
همچنين در سال 1312 نگهدارى و حمايت از مرحوم ميرزا عبد الرحيم خان قائم مقام را كه حكمران و پيشكار آذربايجان و سيّد نجيبى بود، از وظايف شرعيّه خود ديده، وقتى كه رجّاله تبريز به خانه آن مرحوم هجوم آورده غارت مى كردند، آن مرحوم به واسطه همسايگى در مراجعت از مسجد و نماز جماعت تأمّل نكرده، با جمعى از خواصّ و دوستان خود به خانه مرحوم قائم مقام تشريف برده، مردم رجّاله و غارتگر را طوعا و كرها متفرّق و اموال منهوبه را به قدر مقدور مسترد داشتند. و در موقع غارت خانه مرحوم حاجى ميرزا محمّدرفيع نظام العلما كه در سنه 1314 از طرف مفسدين واقع گشت، شبانه ايشان را در منزل خود قبول و به خارج شهر به دستيارى حكومت وقت حركت دادند.
و بالجمله مرحوم مزبور در ششم رمضان 1319 به رحمت ايزدى پيوست و جنازه ايشان به عتبات حمل شده، در همان مقبره والد مرحومش مدفون گشت.
در مرثيه و مادّه تاريخ مرحوم حاجى ميرزا موسى آقا ثقة الإسلام ـ أعلى اللّه مقامه ـ جناب مستطاب فخر الفضلا، حاجى ميرزا عبد المحمّد اسكويى ـ سلّمه اللّه ـ شعرى انشا نموده كه بعضى از آنها انتخاب و درج مى شود:

ألا أيّها الأحباب قد غاب نورنابغيبته قد مات منّا سرورنا
ألا غاب نور الحقّ ربّ الفضائلو أشرف في الفردوس أعلى المنازل
قد انكسر التابوت فيه سكينةو حلم و علم و افتخار و زينة
قد ارتحل العلاّم ذو الفضل و التقىمن العالَم الفاني إلى عالم البقا
و قد ذهبت آثار دين و ملّةو قد عطّلت أحكام شرع و سنة
تكسّر ركن الدين من فوت عالملقد فاق في العلم على كلّ عالم
ألا مات غوث الدين و الحجّة التيلقد كان مولى مرجعا للبريّة
و فات أبو الأعلام نور الأفاضلو أورد في الجنّات أروى المناهل
مضى ثقة الإسلام فخر الأعاظمسميّ إمام الحقّ موسى و كاظم
سميّ كليم اللّه أهل التكرُّمكليم من اللّه زمان التكلُّم
ألا إنّه خير الورى في السجيّةألا إنّه نور الهدى في البريّة
فمِن موته قد مات كلّ الفضائلو مِن فوته قد فات كل الوسائل
لقد رفع اللّه الرفيع بجنّةله درجات عاليات و غرفة
لتاريخه اُلهمت يا ذا الفضائلو أشرف في الفردوس أعلى المنازل (۱۳۱۹)
و إن شئت تاريخا سواه يساعدفقل «ثقة الإسلام موسى» (۱۳۱۹) لواحد
أيضا في مرثية و مادّة تاريخه طاب ثراه:

يا ثقة الإسلام كنت نورابين الورى لقلبنا سرورا
أنت العليم العليم المحقّقأنت الفهيم الأفهم المدقّق
أنت الفقيه الأفقه المسدَّدأنت الإمام العادل المقلَّد
كلّ العلوم حاضر لديكمكلّ العيون ناظر إليكم
أيا سميّ سابع الأئمّةيا هادي الأنام نور الاُمّة
أنت الذي استغنيت في العلومكملت في الآداب و الرسوم
يا أيّها الأحباب غاب نورلعيننا و قلبنا سرور
هو الذي في العلم قد توحّداو هو على الأعلام صار سيّدا
إذ اُدخل الجنّة و استقرّاورَّخته «حسنت مستقرّا» (۱۳۱۹)
سألت تاريخا سوى من اللّهفقيل لي «اختاره و علاّه» (۱۳۱۹)
و إن تشأ سواه في السطورورّخ له «أيا عظيم النور» (۱۳۱۹)