به جهت اختلافاتى كه پيش آمد، ايشان به شيراز رفت و بار ديگر به اصفهان بازگشت و پس از مدتى به روستاى قلعه بابو در جاپلق رفت و در نهايت به قم آمد. ورود ميرزا به قم بايد بعد از 1212 ق بوده باشد، چرا كه گفته اند هجرت ايشان به قم در زمان فتحعلى شاه قاجار (1212 ـ 1250 ق) و به درخواست او، يا درخواست اهالى قم بوده است. ۱
ميرزا در همين سال به سفر حج رفت و توقف كوتاهى در نجف اشرف داشت. ۲
اقامت ميرزا در قم، باعث رواج درس و بحث ايشان در اين شهر شد و مورد توجه خاص و عام قرار گرفت. فتحعلى شاه در چند سفر به قم با ايشان ملاقات كرد و سخت مريد او شد. مكاتبات بين ميرزا و شاه معروف است. ۳
اين مرد بزرگ به حق از درخشان ترين چهره هاى علم و عمل و فقاهت و مرجعيت بود و بر دفتر دانش، برگ زرين و فخيمى را افزود.
آفتاب عمر او در سال آخر ربيع الاول سال 1231 ق در قم، غروب كرد و در قبرستان شيخان مدفون شد. ۴
شاگردان
محضر ميرزا تا پايان عمر شريفش، همواره ميعاد دانشيان و فرزندگان بود و جمع زيادى از زلال معرفت او سيراب شدند و به رشد رسيدند.
محقق قمى در طول ساليان تدريس شاگردان برجسته اى را تربيت كرد كه برخى از ايشان عبارت اند از:
سيد محمّد باقر شفتى (د 1260 ق) حاج محمّد ابراهيم كلباسى اصفهانى (د
1.الروضة البهية، چاپ سنگى، كرام البررة، ج ۱، ص ۵۲.
2.الذريعة، ج ۱، ص ۱۳۸.
3.ن.ك: مجله بررسى هاى تاريخى، سال دهم، ش ۴.
4.اين تاريخ را ملا على آرانى در شرح الأحوال كه زندگى نامه خودنوشت اوست، ياداشت كرده است. براى سال فوت ميرزا تاريخ هاى ديگرى را نيز نوشته اند ولى روز و ماه آن را ظاهرا كسى غير آرانى ذكر نكرده است. ن.ك: زندگانى خودنوشت ملا على آرانى، ضمن ميراث حديث شيعه، ج ۱۵، ص ۵۲۲؛ روضات الجنات، ج ۵، ص ۳۷۹.
