سال ۱۳۰۹ شمسی خداوند فرزندی را به حضرت امام خمینی عنایت کرد که او را به نام جدّ شهیدش «سید مصطفی» نامیدند. پس از گذراندن دوره ابتدایی، در سال ۱۳۲۴ شمسی وارد حوزه علمیه شد. در سایه استعداد فوق العاده و تلاش، دروس سطح حوزوی را در کمتر از شش سال به پایان رساند.
در درسهای خارج همیشه با اساتید در مسائل علمی به بحث می پرداخت و در کمترین زمان ممکن به درجه اجتهاد نایل شد. علاوه بر فقه و اصول در دانش هایی نظیر حکمت و فلسفه هم به مراتب بالای علمی دست یافت.
شهید مصطفی خمینی در مکتبی بزرگ شده بود که سیاست با آن عجین شده و عین دیانت بود، لذا از همان روزهای اوّل که پدر بزرگوارش حضرت امام در این مسیر قدم نهاد با کمال جدیت و تلاش حرکت کرد به گونه ای که برخی از همراهان حضرت امام در این باره می گوید: اگر درباره امام می گویند، حرکتهای ایشان پیامبرگونه است، باید درباره مرحوم حاج آقا مصطفی نیز گفته شود که حرکت ایشان علی وار بود نسبت به پیامبرگونه بودن امام.
در پی دستگیری امام در ۱۳ آبان ۱۳۴۳ رژیم مجبور می شود شهید مصطفی خمینی را نیز دستگیر و همراه امام به ترکیه تبعید کند.
در شب یکشنبه اوّل آبان ۱۳۵۶ آقا مصطفی خمینی که ۴۷ بهار از عمرش سپری شده بود به طرز مشکوکی از دنیا می رود و چه بسا او را مسموم کرده باشند.
به محض خبردار شدن مردم در عراق و ایران مجالسی را برگزار کردند که با تداوم آن، جرقه های انقلاب اسلامی زده شد و در نهایت به پیروزی آن منتهی شد.