قم تأليف كرده بود، مانند مناهج الاصول و التعليق على الكفاية، انجام نداد. آثارى كه مى توانست به شدت مرجعيت و موقعيت ايشان را در نجف اشرف تثبيت كند. ايشان هيچ وقت به اين آثار علمى اش نباليد و به رخ ديگران نكشيد؛ در حالى كه هر انسانى طبعا مايل است آثار علمى اش زودتر منتشر شده و ديگران استفاده كنند. گفتن و نوشتن اين گونه مسائل آسان است. ولى عمل به آن بسيار طاقت فرسا است و حقيقتا اين كوچك هاى بزرگ، عظمت درونى و پنهان مردان بزرگ را نمايان مى سازد.
از وصيت نامه امام كه مورخ 25 محرم 1398 ق، اندكى پس از ارتحال آيت اللّه حاج آقا مصطفى رحمه اللهنوشته اند، بر مى آيد كه ايشان به آثار اخلاقى اش بيش از آثار فقهى و اصولى تعلق خاطر داشته است:
6. كتب خطى اين جانب را در صورت امكان طبع كنند و اگر كسى خواست طبع كند در اختيار او بگذارند به طورى كه ضايع نشود، خصوصا كتب اخلاقى را. ^۱
اثرى كه درصدد معرفى آن هستيم شرح حديث معروف امام صادق عليه السلام درباره جنود عقل و جهل در اوائل كافى شريف ^۲ است كه امام عليه السلام هفتاد و پنج جُند براى هر يك از عقل و جهل بر شمرده است. امام خمينى قدس سره موفق نشده اند تمام حديث را شرح كنند بلكه علاوه بر مباحث كلى راجع به عقل و جهل، در بيست و پنج مقصد، بيست و پنج جُند از جنود عقل و جهل را شرح داده اند و تتمه را به مجلدى ديگر وانهاده اند كه ظاهرا موفق به تأليف آن نشده اند: ما اين جا اين جزو از شرح حديث را خاتمه مى دهيم و تتمه آن را با خواست خدا در مجلد ديگر قرار مى دهيم. ^۳ و ما حقيقت توبه و... را در اين رساله بيان مى كنيم. ^۴
تاريخ پايان يافتن اين اثر دوم ماه مبارك 1363 ق است:
به اتمام رسيد اين جلد در روز دوم شهر رمضان المبارك هزار و سيصد و شصت و سه در قصبه محلات، در ايامى كه به واسطه گرماى هوا از قم به آن جا