مؤلف گاهى از مبانى علمى ويژه خود در اين اثر ياد كرده است: «و ما بحمداللّه وحسن عنايته به وجهى مناسب مسلك اهل معارف و اصحاب قلوب، اثبات حدوث زمانى همه عوالم غيب و شهادت نموديم كه بيان آن با مقدماتش، محتاج به افراد رساله جداگانه است لعلّ اللّه يحدث بعد ذلك امرا و توفيقى عنايت فرمايد كه به آن نايل شويم»؛ ^۱ «و شايد اين اقبال و ادبار اشاره باشد به تجلّى در تحت اسماء ظاهره و باطنه، كه دائما على سبيل تجدّد امثال واقع مى شود؛ چنانچه اصحاب معرفت مى گويند، و به آن تصحيح حدوث زمانى به وجهى عرفانى در جميع قاطنين ملك و ملكوت و ساكنين ناسوت و جبروت نموديم، به طورى كه منافات با مقامات مقدسه عقليه نداشته باشد. و اين از موهبت هاى خاصه حق (جلّ و علا) است به اين ناچيز. والحمدللّه وله الشكر»؛ ^۲ «و ما در رساله مصباح الهداية تحقيق اين مقصد را با حكومت بين عرفاى شامخ و حكماى عظام، راجع به اول ما صدر به طور وافى نموديم». ^۳
همچنين گاهى از استاد بزرگوارش مرحوم شاه آبادى مطالبى نقل مى كند. ^۴
اينك پس از اين مقدمات، مباحث محورى و اساسى كه مؤلف در اين اثر متذكر شده و شاكله و شيرازه اثر را تشكيل مى دهد، اشاره مى شود:
1. انسان داراى دو فطرت است: يكى اصلى و ديگرى تبعى:
مؤلف مكررا متذكر اين نكته شده اند كه انسان داراى دو فطرت است: يكى اصلى كه عبارت است از عشق به كمال مطلق، و ديگرى تبعى كه عبارت است از تنفر از نقص. و از اين دو فطرت تعبير مى كنند به فطرت مخموره بى حجاب، و همه جنود عقل را جنود اين فطرت مى داند، و هرگاه اين فطرت اصلى تحت تأثير گناهان قرار گيرد، مى شود فطرت محجوبه به حجاب طبيعت، و جنود جهل همگى جنود فطرت مجموعه اند:
خير عبارت از فطرت مخموره است، و شر عبارت از فطرت محجوبه است ... و تفصيل اين اجمال آن كه: حق (تبارك و تعالى) با عنايت و رحمت خود، به يد قدرت خود، طينت آدم اول را مخمر فرمود، دو فطرت و جبلّت به آن