2. اين كتاب داراى احاديثى است كه پيوندى با باب مورد نظر ندارند.
3. گاهى احاديثى را در آن مى يابيم كه در غير باب خود آمده اند.
4. گاهى يك باب در غير كتاب مربوطه آمده است.
5. گاهى مؤلف عنوان مورد نياز را نياورده است و گاهى هم عنوانى را ذكر مى كند كه مربوط نيست.
مثلاً در كتاب المحاربين من اهل الفكر والرده (كفار و مرتدان محارب) ابوابى را آورده و آنها را «باب رجم الحبلى» (سنگسار كردن زن حامله) و باب «رجم المحصن» (سنگسار كردن فرد مرتكب زناى محصنه) ناميده است در حالى كه همانطور كه ملاحظه مى شود هيچ ربطى با كتاب مذكور ندارند و يا در كتاب المظالم والغصب بابى را آورده است با نام «باب ما جاء فى السقائف و جلس النبى صلى الله عليه و آله واصحابه فى سقيفة بنى ساعده» (درباره آنچه مربوط به سايبان ها و نشستن پيامبر و اصحابش در محل سقيفه بنى ساعده است) و در ذيل اين باب سخن عمر را در مورد حضور وى به همراه برخى از انصار و ابوبكر در سقيفه پس از رحلت رسول اللّه صلى الله عليه و آله نقل مى كند و بى آن كه در خصوص شخص پيامبر صلى الله عليه و آله و نشستن ايشان در زير سايبانى سخن به ميان آورد بلافاصله باب را به پايان مى برد.
در كتاب المرضى والطب (بيماران و پزشكى) بابى را با نام «قوموا عنّى» (از نزد من برخيزيد) آورده است و حديثى را در آن جا در خصوص وصيت پيامبر صلى الله عليه و آله نقل مى كند كه حضرت فرمودند «بياييد براى شما مطلبى بنويسم تا پس از من گمراه نگرديد».
در كتاب طلاق، بابى را با نام «نكاح المشركات» (ازدواج با زنان مشرك) مطرح مى كند.
در كتاب «الجهاد» خصوصيات حور العين را ذكر مى كند و از اين دست موارد فراوان است.
بخارى با همه عظمت و مقام شامخى كه دارد از كسانى همچون عمران بن حطان