است. او در اين كتاب، سعى دارد به اهميت تعقل در دين از يك سو و پرهيز از خردگرايى افراطى و تعبدگريزى از سوى ديگر توجه داده، نوعى عقل دينى تعريف نمايد و آن را در نقش بستر دين دارى به عنوان مبنا و اساس كتاب خود برگزيند.
2. كتاب فضل العلم: اين كتاب با تأكيد بر تفقه در دين و پرهيز از راه هاى غير يقينى و گمان آور به نوعى دنباله كتاب عقل و جهل به شمار مى رود. در آغاز كتاب، برخى رواياتى در فضيلت دانش اندوزى آورده و سپس ابوابى را به نهى از اظهار نظر گمانى در مسائل دينى و استفاده از روش هاى نامعتبر، مانند قياس و نتايج برآمده از آن كه پيدايش بدعت در دين است، اختصاص داده است. در پايان نيز ضمن چند باب، از كتاب و سنت به عنوان مبنا و اساس فهم دين ياد مى كند.
3. كتاب التوحيد: اين كتاب از مهم ترين بخش هاى كافى است كه به موضوعات گوناگون مربوط به شناخت خداوند و صفاتش مى پردازد. بسيارى از عناوين باب هاى اين كتاب از مسائل مورد مناقشه متكلمان و فيلسوفان عصر كلينى گرفته شده و روايات مربوط به آن، ذيل هر يك شناسايى و درج شده است. از همين روى، گاه عنوان باب در هيچ يك از روايات به كار نرفته و در واقع، درج اين روايت ذيل اين باب از اجتهادات كلينى است. برهان هاى مبتنى بر حدوث عالم كه معمولاً در مناظره هاى امام صادق عليه السلام به گروه موسوم به زنادقه و دهريون بيان شده، در آغاز اين كتاب آمده اند. سپس احاديث مربوط به شى ء بودن خداوند و در عين حال منزه بودن او از جسمانيت كه منشأ اتهام هشام بن حكم به تجسيم و تشبيه بوده است بابى را به خود اختصاص داده اند. پس از آن كلينى به مسئله كلام الهى كه محور مجادله هاى موسوم به خلق قرآن بين اصحاب حديث و معتزله بوده و نيز مسئله رؤيت خداوند (كه پاى بندى حنابله به ظواهر آيات و نيز وجود پاره اى روايات مورد مناقشه، عامل پيدايش آن بود) توجه كرده است. ابواب ديگرى در تقسيم صفات به ذاتى و فعلى، و بيان ماهيت برخى پديده هاى الوهى، همانند عرش و كرسى، در ادامه آمده و سپس به بررسى منازعات مربوط به افعال الهى، از قبيل مسئله بداء، جبر و اختيار، خير و شر، سعادت و شقاوت، حجت خداوند بر بندگان و دخالت او در هدايت افراد پرداخته شده است.