3 . نظريات خاص
مرحوم ملّا خليل قزوينى ، در زمينه هاى مختلف علوم اسلامى ، نظرات ويژه و منحصر به فردى داشته و از آن جايى كه اخبارى مسلك بوده ، اين نظريات خاص ، كاملاً نمود پيدا كرده كه از آنها مى توان به موارد زير اشاره كرد :
يك . حرمت نماز جمعه در زمان غيبت امام زمان (عج) و به همين جهت ، مكاتباتى ميان او و ملّا محمّد طاهر قمى ، انجام شده است .
دو . او به حجّيت تمام احاديث كتاب الكافى ، معتقد بوده و عمل به آن را واجب مى دانسته است . به اعتقاد او در سرتاسر كتاب الكافى ، هيچ حديثى كه به جهت تقيّه ، صادر شده باشد ، موجود نيست . سه . وى اعتقاد داشته كه امام زمان (عج) در مورد الكافى ، عبارت : «الكافى ، كافٍ لشيعتنا» را فرموده است . وى اظهار مى داشته كه هر حديثى كه در الكافى ، با عبارت «رُوِى» وارد شده ، حديثى از امام زمان (عج) است (همان گونه كه اين نظريه را به صاحب تفسير نور الثقلين نيز نسبت داده اند) . چهار . وى استعمال تنباكو را حرام مى دانسته است و چون علّامه مجلسى ، آن را جايز مى دانسته ، لذا ملّا خليل در اين باره ، رساله اى نوشته و آن را براى علّامه مجلسى فرستاده است . گرچه اين نوشته ، هيچ تغييرى در نظريه علّامه ايجاد نكرد .
پنج . او شديدا منكر اجتهاد در فروع فقه ، به روش مجتهدان بود .
شش . از ديگر نظريات او ، لزوم عمل به علم در فروع فقهى ، در زمان غيبت است ، كه البته اين نظريه ، خلاف نظريه مجتهدان است كه ظنّ معتبر را نيز جايز العمل مى دانند .
هفت . او در علم كلام ، معتقد به ثبوت معدومات بوده است . هشت . به گفته صاحب رياض العلماء ، او معتقد به عدم انتساب روضه الكافى به كلينى بوده و آن را به ابن ادريس حلّى ، نسبت مى داده است ؛ چنان كه اين قول را به برخى اصحاب ، مانند شهيد ثانى نيز نسبت داده اند . هر چند كه صحّت اين انتساب ، به اثبات نرسيده است ، ولى با توجّه به عبارت شارح در كتاب الصافى فى شرح اُصول الكافى ، صرفا ترديد وى در انتساب بخش روضه به كتاب الكافى اثبات مى گردد ، چنانچه مى گويد :
اشتمل كتاب الكافى ثلاثة و ثلاثين كتابا ، فإن كان الروضة من الكافى فحينئذٍ يكون كتاب الكافى أربعة و ثلاثين كتابا . مگر اين كه صاحب رياض العلماء ، دليل ديگرى بر مدّعاى خويش يافته باشد .
ملّا خليل ، در اواخر عمر ، بينايى خود را از دست داد . وى در سن 88 سالگى در سال 1089 ق ، در زادگاه خود وفات كرد و در مدرسه معروف خود به نام «خليليه» مدفون گرديد .