5 . نسخه شناسى
شارح ، در برخى مواضع از اين شرح ارزشمند ، به بررسى نسخه هاى متعدّد از الكافى و انتخاب نسخه صحيح تر پرداخته است . نمونه اى از آن در ابتداى كتاب عقل و جهل ، به چشم مى خورد . او در مورد عبارت «باب العقل و الجهل» مى گويد : در نسخه هاى مشهور الكافى ، به جاى واژه «باب» ، كلمه «كتاب» به كار رفته كه از ظاهر عبارت شيخ طوسى در الفهرست ، چنين بر مى آيد كه در نسخه او ، كلمه «باب» به كار رفته و از اين رو ، ما نيز بر همين نسخه عمل مى كنيم .
6 . مباحث متفرّقه
ملّا خليل قزوينى ، در ضمن شرح و توضيح احاديث ، به مباحث ديگرى نيز پرداخته است كه از جمله آنها بحث مربوط به «إعجاز» است . ايشان در شرح فقره اى از حديث بيستم ، به بيان معجزات انبيا پرداخته و پس از ذكر معجزات پيامبر اسلام صلى الله عليه و آله ، سؤالى را مطرح مى كند كه چرا امام عليه السلام در اين حديث ، معجزه پيامبر را منحصرا از قبيل كلام و خطب قرار داده است ، در حالى كه معجزات ديگرى نيز در آن زمان از سوى پيامبر صلى الله عليه و آله صادر شده بود ؟
و خود نيز اين گونه پاسخ مى دهد كه منظور ، معجزه اى است كه صدور آن از پيامبر صلى الله عليه و آله متواتر و قطعى است و وجود آن ، سبب استمرار و بقاى دين است كه آن ، منحصرا در قرآن است ؛ يا مقصود ، اوّلين معجزه اى است كه به سبب آن ، نبوّت پيامبر صلى الله عليه و آله به اثبات رسيده است . سپس شارح ، در ادامه بحث ، به بيان وجوه مختلف اعجاز قرآن ، با تكيه بر برخى شواهد قرآنى پرداخته است . ايشان مباحث ديگر كلامى ، از جمله مباحث مربوط به توحيد ، جبر و اختيار و... را نيز مطرح كرده است كه در اين جا مجالى براى بسط بيشتر آن نيست .
شارح ، كتاب الشافى را در سال 1057 ق ، در مكّه مكرّمه ، به رشته تحرير درآورد . نگارش اين شرح نيز همانند تأليف كتاب الكافى مرحوم كلينى ، بيست سال به طول انجاميده است .