اما قسمي ديگر از علوم هستند که در آن‌ها مادّه علم دور از دسترس احساس است. مانند حکمت الهي و طبيعي، کلام، اصول فقه و بعضي قواعد ذکر شده در کتاب‌هاي منطق. در اين نوع از علوم اختلافات فراواني ميان انديش‌مندان مختلف، اعم از فلاسفه و علماي اصول فقه و کلام وجود دارد. در اين جا قواعد منطقي نيز کارساز نيست؛ زيرا که قواعد منطقي، فکر را از جهت صورت، از خطا و اشتباه مصون مي‌دارد نه از جهت مادّه ( الفوايد المدنية، 256).
از اين سخن استرآبادي و اشاره‌اي که به علم منطق مي‌کند به عنوان علمي که تفکّر را از خطا و اشتباه مصون مي‌دارد، چنين بر مي‌آيد که اوّلاً تعريفي که او از عقل مدّ نظر دارد با تعريف متداول از آن چندان تفاوتي ندارد و او نيز عقل را همان قوّه تفکّر، تدبّر و استدلال مي‌داند. ثانياً او به طور کامل عقل و يافته‌هاي آن را زير سؤال نمي‌برد و تنها حوزه اعتبار يافته‌هاي آن را محدود مي‌کند.
استرآبادي در اين جا تنها نتايج علوم نزديک به احساس را مصون از خطا و قابل اتّکا مي‌داند؛ زيرا که در اين دسته از علوم اوّلاً مواد و مقدّمات تشکيل‌دهنده استدلال‌ها و براهين همگي جزء اوّليات و بديهيات يا به تعبير استرآبادي «نزديک به احساس» است ۱ که هيچ گونه شک و ترديدي در صحّت آن‌ها وجود ندارد و از سوي ديگر، علم منطق صحّت صورت اين براهين و استدلالات را مورد قضاوت قرار مي‌دهد و خطاهاي آن را گوشزد مي‌کند، در صورتي که نتايج علوم نظري مانند فلسفه و اصول فقه که مواد و مقدمات مورد استفاده در اين علوم اموري غير از بديهيات و محسوسات است، چندان قابل اعتنا نيست. وي معتقد است منطق، تنها در علوم قسم اوّل راه‌گشا خواهد بود و در علوم نوع دوم راه به جايي ندارد؛ زيرا مقدّمات و پيش‌فرض‌هاي اين علوم، اموري ظني و غير يقيني هستند که عقل انسان در مورد آن‌ها راهي براي حصول يقين ندارد و در اين باره تمسّک به منطق نيز راه‌گشا نخواهد بود و نهايت کاري که منطق مي‌تواند انجام دهد قضاوت در مورد صحّت صورت و ظاهر استدلال‌ها و براهين اين علوم است و در مورد مواد آن‌ها، ساکت است و راه به جايي ندارد. وي در باره حوزه کاربرد منطق چنين بيان مي‌کند:
إذا أقصي يستفاد من المنطق في باب مواد الأقيسة، تقسيم المواد علي وجه کلّي إلي أقسام و ليست في المنطق قاعدة بها نعلم أن کلّ مادّة مخصوصة داخلة في أي قسم من تلک الأقسام بل من المعلوم عند أولي الألباب إمتناع وضع قاعدة تکفّل بذالک (همان).
با اين بيان مشخّص مي‌شود که از نظر استرآبادي تنها عاملي که موجب محدوديت کاربرد عقل و تفکّر آدمي مي‌شود، همانا ناکارآمدي آن در تشخيص مواد يقيني انديشه و تفکّر است. و چه بسا عقل در مواردي امور ظني را هم‌چون امور قطعي و يقيني بپندارد و بر اساس آن‌ها
1.در اين جا با توجّه به اشاره‌اي که استرآبادي به علوم حساب، هندسه و منطق مي‌کند به نظر مي‌رسد منظور وي از عبارت «نزديک به احساس» همان بديهيات و اوّليات باشد؛ زيرا که علوم فوق بر اساس مقدمات بديهي و اوّلي شکل گرفته‌اند.
