سيد محمّدمهدي بحر العلوم (م 1212 ق)؛ شيخ ابو علي حائري (م 1216 ق) صاحب منتهي المقال؛ ميرزا مهدي بن هداية الله خراساني (م 1216 ق)؛ ميرزا مهدي شهرستاني (م 1216 ق)؛ ميرزا ابو القاسم قمي (م 1231 ق) صاحب قوانين؛ و سيّد علي طباطبايي (م 1231 ق) صاحب رياض المسائل. ^۱
محدّث بحراني تأليفات بسياري نيز داشته است. در مقدّمه الدرر النجفية پنجاه کتاب، رساله، حواشي و اجوبة المسائل براي وي ذکر شده است. ^۲برخي از آثار او عبارت‌اند از:
1. الحدائق الناضرة، که به‌ويژه از جهت جمع و تفسير اخبار، کتاب فقهي باارزشي است؛ ^۳گرچه با مرگ مؤلف، ناتمام ماند. خود مؤلّف در باره آن مي‌گويد:
کسي از اصحاب ما کتابي مانند الحدائق الناضرة ننوشته است؛ زيرا در هر مسئله‌اي که وارد شدم، تمام روايات مربوط به آن باب و اقوال فقها و فروعات آن مسئله را بيان کرده‌ام. البته اين هم از برکات مکان شريف کربلاي معلّا است. ^۴
محدّث بحراني در اين کتاب انکار مي‌کند که ظواهر آيات با قطع نظر از روايات يکي از منابع و مدارک احکام بوده باشد. به باور وي، از ظواهر آيات تنها با کمک رواياتي که در تفسير آيات وارد شده، مي‌‌توان استفاده کرد. ^۵وي حجّيت دليل عقل را نيز در احکام شرعيه ردّ مي‌کند ^۶و نيز منکر حجّيت استصحاب در شبهات حکميه مي‌شود. ^۷

دايي خود خدمت صاحب حدائق مي‌رسيد و از او استفاده مي‌کرد. ^۱وحيد بهبهاني حتي مردم را از خواندن نماز جماعت با صاحب حدائق نهي مي‌کرد ^۲و با اين حال، وي حکم کرد که نماز خواندن به امامت وحيد بهبهاني صحيح است و چون به او خبر دادند که وحيد بهبهاني در باره شما چنان حکم کرده، اظهار داشت: «تکليف شرعي وي همان است که او مي‌گويد، و تکليف شرعي من نيز همين است که بيان داشتم. هر يک از ما بر آنچه خداوند مکلّفمان ساخته، عمل مي‌کنيم. و اين، اجتهاد او است و وي را از عدالت ساقط نمي‌کند». ^۳
هنگامي که محدّث بحراني دار دنيا را وداع گفت، استاد اکبر وحيد بهبهاني بر او نماز خواند و جمعيت فراواني او را تشييع کردند و در رواق امام حسين عليه السلام پايين پاي حضرت به خاک سپردند. ^۴
محدّث بحراني غير از والد خود، از محضر بزرگان ديگري مانند: شيخ حسين فرزند محمّد بن جعفر ماحوزي بحراني (م 1181 ق) نيز بهره مند شد. ^۵استاد ديگر شيخ يوسف که خود، او را بسيار ستوده، شيخ احمد بن عبد الله بلادي (م 1137 ق) بود. شيخ يوسف در باره وي مي‌گويد: «از نظر اخلاقي، ورع و تقوا، در ميان علما مثل او را نديدم و من در بحرين در درس او حاضر مي‌شدم و شرح لمعه را در نزد او خواندم». ^۶
محدّث بحراني شاگردان بسياري نيز پرورد که معروف‌‌ترين آنان عبارت‌اند از: ملا محمّدمهدي نراقي (م 1209 ق) صاحب کتاب جامع السعادات؛ علّامه