به گفته محمّد تقي رازي نجفي اصفهاني، استرآبادي از آنچه محلّ بحث در اصل برائت است، غفلت کرده و خيال نموده كه با اصل برائت مي‌خواهيم نفي حکم واقعي بکنيم که بين مسائل عام البلوي و مبتلا به و غير آن تفصيل قائل شده است. در حالي که بحث در اصل برائت، نسبت به حکم ظاهري است، نه واقعي، و مقصود از آن شناخت، سقوط تکليف نسبت به وظيفه ماست بدون اين که ملاحظه نفي حکم واقعي شود. ^۱
از کلام شيخ حرّ عاملي هم استفاده مي‌شود که وي جريان برائت را در شبهات موضوعيه و متعلّقات احکام، و شبهات وجوبيه حکميه جايز مي‌داند و احتياط را واجب نمي‌داند؛ ولي در شبهات تحريميه حکميه، به وجوب احتياط نظر دارد و برائت را جايز نمي‌داند و اگر، هم در شبهات تحريميه و هم موضوعيه، احتياط و توقّف واجب باشد، تکليف ما لا يطاق لازم مي‌آيد و مكلّف نمي‌تواند از همه شبهات اجتناب کند؛ چون در بسياري از اشيا، احتمال وجوب و حرمت مي‌رود. ^۲
از طرف ديگر، آن اخباري که مجتهدان بر برائت استدلال کرده‌اند، به نظر ما مخصوص شبهات موضوعيه است و اگر بخواهد در شبهات حکميه تحريميه هم جاري شود، ديگر از جهت اختلاط حلال و حرام وجوهي براي حلال بيّن و حرام بيّن که ـ در اخبار توقّف است ـ باقي نمي‌ماند. ^۳
در ادامه اضافه مي‌کند كه احتمال دارد روايت «کل شيء مطلق حتّي يرد فيه نهي» مخصوص اشياي مهمه‌اي باشد که مبتلا به همگان است و مي‌دانيم که اگر حکمي مخالف اصل برائت در اين مسائل همگاني و مبتلا به وجود داشت، مطمئناً نقل مي‌شد، چنانچه از قول امير مؤمنان علي عليه السلام نقل شده كه مي‌فرمايد:
و اعلم يا بني انه لو کان الهاً آخر لأتتک رسله و لرأيت آثار مملکته.^۴

به نظر استرآبادي تحقيق کلام محقّق، اين است كه وقتي محدّث ماهر و زبردستي، در يک مسئله مبتلا بهي، در احاديثي که از ائمّه عليهم السلام رسيده، جستجو کند و به حديثي که دلالت بر حکم آن مسئله داشته باشد، دست پيدا نکند، سزاوار است که قطع عادي پيدا کند که آن مسئله، حکمي ندارد؛ زيرا عدّه بسياري از علماي ما ـ که چهار هزار نفر از آنها از شاگردان امام صادق عليه السلام بوده‌اند ـ در مدّت سيصد سال، ملازم ائمّه عليهم السلام بودند و همّت آنان بر اين بود که هر چه از ائمّه عليهم السلام مي‌شنيدند، در اصول خود مي‌نوشتند تا شيعه در زمان غيبت کبرا به آنها عمل کنند و احتياج پيدا نکنند سراغ راهي بروند که عامّه رفته‌اند.
پس در مثل چنين صورتي، جايز است که به اين اصل تمسّک شود و بگوييم ظاهر نشدن دليلي بر خلاف اصل، خود، دليلي است که اين مسئله در واقع، حکمي ندارد، مانند نجاست زمين حمام و غساله، و وجوب قصد سوره معيّن در وقت گفتن بسم الله الرحمن الرحيم و واجب بودن نيّت خارج شدن از نماز، با گفتن سلام نماز.
از امير مؤمنان نقل شده است که به فرزندش مي‌فرمايد:
و اَعْلَمْ يا بُنَي اَنَّه لَوْ کانَ لِرَبّک شريک لاََتَتْک رُسُله، وَ لَرَأيتَ آثارَ مُلْکهِ و سلطانِهِ.^۱
اي پسرم! بدان كه اگر غير از خداي يكتا، خداي ديگري هم بود و شريک داشت، فرستادگان او مي‌آمدند و نيز آثار ملک و سلطنت او را مي‌ديدي. ^۲
در جاي ديگري استرآبادي، تمسّک به برائت اصليه، ^۳ قبل از اکمال دين را خوب مي‌داند و معتقد است پس از اکمال دين، در صورتي که احتمال بدهيم بعضي از وقايع، خالي از حکمي هستند که از ناحيه خداوند وارد شده، عيبي ندارد. ^۴ ملاحظه مي‌کنيد كه استرآبادي، نه تنها قائل به اصل برائت ـ که نفي حکم ظاهري است ـ شده، بلکه به اباحه، به معناي اخصّ آن معتقد است که فعل و ترک آن نزد شارع، مساوي است و يکي از احکام خمسه و قسيم و مقابل وجوب، حرمت، کراهت و استحباب است.