فراواني دارد جر از آن‌که معناي حديث گوناگون مي‌شود، باعث اختلاف در فتوا نيز مي‌شود. اختلاف نسخه در باره يک حديث، باعث حرمت يا حليت امري مي‌شود و البته گاهي اختلاف نسخه، تأثير بسزايي در معنا ندارد؛ زيرا هرکلمه در حديث فرض مي‌شود، مقصود اصلي حديث محفوظ باقي مي‌ماند و معناي حديث صحيح است.
مجلسي نيز براي به دست آوردن متن و سند صحيح روايات، به منابع اوليه حديثي و ديگر نسخ مراجعه کرده است. او به ذکر موارد اختلافي در متن و سند روايات در ديگر کتب حديثي اشاره مي‌کند. وي در لوامع صاحبقراني، 109 مورد از اين اختلافات در نسخه‌هاي مختلف را ذکر کرده است. در اينجا به عنوان نمونه تعدادي را ذکر مي‌کنيم:^۱
1. و يجزي الغسل للجمعة کمايکون للرّواح؛‌ در بعضي از نسخ، للزّواج آمده است.^۲
2. .... طهّر قلبي و أنق غلّي؛ ‌در بعضي از نسخ، به جاي غلّي، غسلي است.^۳
3. قال رسول الله‌ صلي الله عليه و آله : احلقوا شعر الابط للذّکر و الانثي؛ در بعضي از نسخ، به جاي الابط، البطن آمده است.^۴
4. ... و يطيب النّهکه و يشدّ الثته و يذهب بالضّنا. در بعضي از نسخ به جاي الضّنا (به معني لاغري)، الصّنان (به معني گند زير بغل) و در الکافي، غثيان (به معني نفس و بدي) آمده است.^۵
5. ... من قلمّ اظفاره يوم الجمعة لم تشعث أنامله؛ در بسياري از نسخ، لم تسعف (به معناي ريشه کردن انگشتان) است.^۶
6 . ... فان کان کثيرالشّعر فردّ عليه ثلاث مرّات؛ در التهذيب، به جاي فردّ، فزد وارد شده است.^۷
7. ... فقال مايعلم شيئاً بعد المعرفة افضل من هذه الصّلاة؛ لفظ هذه در التهذيب نيامده است.^۸
8. ... إذاثبت العمود ثبت الاطناب؛ در الکافي و التهذيب، نفعت آمده است و آن اظهر است.^۹
9. ... و وسطه روضة من رياض الجنّة و ميسرته مکر يعني منازل الشّيطان؛ در الکافي، به جاي الشيطان، السلطان آمده است.^۱۰