گاهي اختلاف قرائت‌هايي را بيان مي‌کند که تنها به حرکت يا حرفي از کلمه منتهي نمي‌شود، بلکه به اشمام (لب‌ها را به حالت ضمه در آوردن)^۱ و رعايت تجويد نيز بر مي‌گردد. مانند:
وَقيلَ ^۲: به اشمام کسره قاف کسائي و به کسره خالص، بقيه قرائت کرده‌اند ^۳.
قَصدُ ^۴: حمزه، کسائي و خلف، به اشمام صاد با صوت زاء و بقيه با صاد خالص قرائت کرده‌اند ^۵.
مؤلّف در بيشتر تفسيرش ذيل عنوان «قرائات» تنها همان قرائت غير مشهور را مي‌آورد. به نظر مي‌رسد اين اختلاف قرائات در تفسيرش تأثيري نداشته است. علاوه ايشان همان‌طور که در بحث قرائات با عنوان علوم قرآني بيان خواهد شد، قرائات هفت‌گانه و ده‌گانه را متواتر نمي‌داند.

3. اعراب آيات

مفسّر المنير، اعراب تمام آيات را نمي‌آورد و تنها به موارد ضروري مي‌پردازد. مانند مواردي که جمله چند وجه اعراب دارد و اين وجوه در معنا تأثير دارد. مانند:
حلالاً طيباً ^۶: منصوب است يا وصف براي مفعول محذوف و تقديرش «کلوا شيئاً حلالاً طيباً»، يا وصف براي مصدر محذوف و تقديرش «کلوا أکلاً حلالاً طيباً» است ^۷.
بنا بر اين، نقش کلمه يا کلمات در آيات را يادآور مي‌شود اما به تجزيه کلمات توجّه چنداني ندارد و جز در مواردي محدود، مطلبي نمي‌آورد.
گاهي براي مطلبي که در بخش اعراب آورده به آيات ديگر استشهاد مي‌کند تا دليل اين اعراب بهتر مشخص شود. مانند:
و الذين يدعون ^۸: الذين، اسم موصول؛ يدعون، صله بر مي‌گردد به محذوف يعني يَدعونَهُم، مانند آيه (إِنَّ الَّذينَ تَدْعُونَ مِنْ دُونِ اللَّهِ)^۹، يعني تَدعونَهُم ^۱۰.
بخش اعراب آيات، در تمامي تفسير بدون استثنا پس از آيه يا مجموعه آيات مي‌آيد.
نمونه‌هاي ديگر: ج1، ص 452: بقره / 174 ـ 176؛ ص 594: بقره / 204 ـ 207؛ ص 366: بقره / 142 ـ 143؛ ج 7، ص 164: رعد / 20 ـ 24؛ ص 323 و 324: حجر / 16 ـ 25؛ ص 366: حجر / 86؛ ص 430: نحل / 30 ـ 32.