سيّد ابوالحسن مرتضوى، يكى از مصحّحين منهج‏الصادقين، در چند مورد به نقد بيان تفاسير عرفانى در تفاسير واعظانه پرداخته و پرداختن به اين اقوال را مناسب اين كتاب نمى‏داند. اين نقد، البتّه با توجّه به آنكه مفسّر گرانقدر نيز مخاطب خود را عامّه مردم مى‏داند ^۱ قابل قبول است.
شديدترين حملات مصحّح به اين روش مفسّر، مربوط به تفسير آيه (أَنَا رَبُّكُمُ الْأَعْلى)^۲ است. كاشانى به قول يكى از عرفا استناد كرده كه:
يكى از عرفا مناجات كرد كه خداوندا اين چه حال است كه فرعون أَنَا رَبُّكُمُ الْأَعْلى گفت و حسين منصور حلاج أنا الحقّ! هر دو يك دعوى كردند؛ روح حسين در علّيّين است و از آنِ فرعون در سجّين. هاتفى آواز داد كه فرعون به خودبينى درافتاد و همه خود را ديد و خود را گم كرد پس در ميان فرق بسيار است. ^۳
مصحّح (آقاى مرتضوى) از اين روش مفسر انتقاد مى‏كند و مى‏نويسد:
باز هم ذوق عارفانه مرحوم مؤلّف به اهتزاز آمده و سخن يكى از اقطاب صوفيه را - كه آن علاءالدوله سمنانى و سر سلسله صوفيه علائيه است - نقل نموده ولى قسمتى از كلمات وى را ذكر نكرده است...
تعجّب است از مرحوم مؤلّف كه اين كتاب را به عنوان تفسير قرآن كريم تأليف و آن را منهج الصادقين فى الزام المخالفين ناميده، مع‏الوصف، در مواضع عديده كثيرى از اراجيف و اكاذيب و خرافات و اوهام جمعى از صوفيه را نقل نموده كه هم از نظر اكابر علماى شيعه مانند شيخ مفيد و شيخ صدوق و شيخ طوسى و شيخ بهايى و امثالهم بلكه جمعى از علماى عامّه نيز چون ابن‏جوزى در تلبيس ابليس و ابن‏النديم در فهرست، محكوم به كفر و الحاد و حلول و اتّحادند و هم از معاندين ائمّه طاهرين عليهم السلام به شمار آمده‏اند. و اعجب از اين، نگارشات بعض معاصرين است در اينجا كه خواسته محمل صحيحى از براى كلمات كفر آميز حسين حلاج درست كند. ^۴
12. در موارد ديگر مباحث فقهى را نيز ارائه و نظر خود را بيان مى‏كند. ^۵