سهولت دستيابى محققان به محتواىكتاب، موضوعاتى از متن، استخراج شده و در حاشيه سفيد صفحات، قرار داده شده است.
5. استخراج و تنظيم نمايههاى متن:
كتاب نقض، شامل اطلاعات مهم و پراكندهاى است كه دستيابى به آنها، بدون استخراج نمايه موضوعى، غيرممكن مىنمايد. بدين جهت، نمايه موضوعى آن، استخراج شده و در پايان كتاب، با نظمى موضوعى - الفبايى، عرضه شده است.
6. تلخيص و ويرايش ملحقات كتاب نقض:
هم زمان با چاپ كتاب نقض در سال 1358ش، دو جلد نيز به عنوان تعليقات «نقض» در 1397 صفحه به قلم مرحوم محدّث، منتشر شده است كه شامل 224 مورد تعليقه توضيحى بر آن كتاب است. اين تعليقات كه حاصل سى سال تلاش علمى آن عالم سختكوش اند ، در چاپ جديد، تلخيص شده (و در چند مورد، كلاً حذف شده) و بعد از ويرايش، به انتهاى كتاب، ضميمه شدهاند.
7. استخراج و تنظيم فهرستهاى فنّى:
در انتهاى كتاب، پانزده عنوان فهرست فنّى استخراج شده و در دسترس خواننده قرار گرفتهاند.
عناوين فهرستها به ترتيب ذيل است:
1. آيات؛ 2. احاديث و آثار؛ 3. عناوين خطبهها و نامهها؛ 4. اشعار عربى؛ 5. اشعار فارسى؛ 6. امثال عربى؛ 7. امثال فارسى؛ 8. اشخاص؛ 9. كتب ياد شده در متن؛ 10. مكانها؛ 11. اديان، فرق و مذاهب؛ 12. قبايل، جماعات و طوائف؛ 13. وقايع و حروب؛ 14. لغات و اصطلاحات؛ 15. منابع تحقيق.
8. شمارهگذارى:
براى هر يك از فقراتى كه عبد الجليل رازى از كتاب بعض فضائح الروافض نقل كرده و سپس به جواب آن پرداخته، شمارهاى در وسط صفحه در نظر گرفته شده است.