اما حقيقت آن است که کلّ اين مجموعه فقط تا دوره سيوطى، يعنى اوائل قرن دهم، موجود بوده و ابن کثير و سيوطى در همه سوره هاى قرآن از آن بهره برده اند. پس از اين دوره، نسخه هاى اين تفسير انسجام و وحدت خود را از دست داده، و در طول چهار قرن بعد، علاوه بر آن‌که بخش هاى بزرگى از آن به طور کلى از بين رفته است، بخش هاى باقى مانده آن نيز به شکل مجموعه اجزاى حديثى دست به دست گشته و در کتابخانه هاى مختلف ادامه حيات داده است.
به عبارت ديگر، هر دو نسخه تفسير مورد بحث که مورد استفاده صاحب اين قلم است، نسبت به بخش‌هايى از اين تفسير ادعا ندارند که از نسخه قديمى يا خطى آن بهره مند شده اند. بلکه دو قطعه بزرگ از سوره هاى قرآن را در نسخه هاى موجود نيافته اند، و از تفسير ابن کثير (قرن 7) و تفسير درّالمنثور (قرن 10) بازسازى و بازيابى کرده اند. آن مقدار حفظ شده و مخطوط نيز، نه به صورت يک مجموعه منسجم و در کنار هم، بلکه به صورت نسخه هاى پراکنده و متعددى از کتابخانه هاى معتبر جهان اسلام، جمع آورى شده است. به بيان دقيق تر، بر اساس آنچه که اسعد محمد طيّب، محقق نسخه دوم، در بيان نسخه هاى مورد اعتماد خود نوشته است، تفسير ابن أبي حاتم که مورد مطالعه و تحقيق او قرار گرفته است، از دو بخش اصلى تشکيل شده است:
بخش اول، بخش موجود از تفسير، و بخش دوم، بخش مفقود از آن است. بخش موجود اين تفسير، از ابتداى سوره حمد تا انتهاى سوره رعد، که سيزدهمين سوره قرآن است، نزديک به 13 جزء از قرآن را در بر مى گيرد. همچنين از ابتداى سوره مؤمنون تا انتهاى سوره عنکبوت، يعنى هفت سوره از قرآن، معادل اجزاء 18 تا 21 قرآن، در زمره بخش موجود از اين تفسير هستند، و ساير سوره ها و اجزاء قرآن در نسخه هاى خطى و موجود اين تفسير، يافت نشده اند. البته بخش هاى موجود و يافته شده نيز، همانگونه که گذشت، در اجزاء متعدد و پراکنده و با کيفيت هاى متفاوتى به دست محققان اين کتاب رسيده است. دو پژوهشگر نامبرده، ساير بخش هاى قرآن، يعنى اجزاء غير موجود از اين تفسير را از طريق احاديث ابن أبي حاتم، در تفاسير ابن کثير و سيوطى، گردآورى کرده اند. آنها، با جمع آورى روايات نقل شده از ابن أبي حاتم، در تفسير ابن کثير و درّالمنثور سيوطى، و مرتب ساختن اين احاديث بر اساس نظم سُوَر و آيات قرآن، با رعايت معيارهاى شناخته شده ابن أبي حاتم، اين بخش ها را بازسازى کرده اند.
اين نکته، مفيد آن معناست که تفسير ابن أبي حاتم در قرن هاى هفتم و دهم، به طور کامل، نزد اين دو مفسر بزرگ قرآن موجود بوده است و پس از قرن دهم آفت هايى دامنگير آن شده، و بخش هاى بزرگى از کتاب از ميان رفته است. هر چند ممکن است نقل هاى ابن کثير و سيوطى از بخش هايى از تفسير ابن أبي حاتم، که امروزه باقى نيست، نقل همه احاديث آن نباشد، و احتمالاً روايات ديگرى هم در اين بخش ها موجود بوده است که حتى سيوطى و ابن کثير نيز آنها را نقل نکرده اند و امروزه هيچ نشانى از آنها در دست نيست.