عقل را نيز در آن مؤثّر مي‌داند. کارکردي که او در اين زمينه براي عقل تعريف مي‌کند بسيار متفاوت از کارکرد رايجي است که انديش‌مندان غير اخباري بدان معتقدند. به اين صورت که بنا بر ديدگاه غالب، عقل انسان مستقيماً توانايي شناخت خداوند را داراست و تا حدودي مي‌تواند به معارف کلي که لازمه ايمان است دست يابد. امّا از نظر ملا محمّد امين استر آبادي، معرفت خداوند متعال، اصالتاً معرفتي فطري و دروني است که عقل کاشف از اين معرفت است. و در صورت فقدان آن معرفت فطري، عقل به تنهايي در شناخت خداوند راه به جايي نخواهد برد.
استرآبادي، تنها به اعتقاد به فطري بودن معرفت خداوند اکتفا نمي‌کند بلکه معرفت امام و نبي را نيز فطري و الهام شده از جانب خداوند مي‌داند که انسان در کسب اين معارف هيچ اختياري از خود ندارد.
به طور مثال، مؤلّف پس از بيان روايتي از الکافي در باب «دعائم الاسلام»، در حاشيه آن مي‌گويد:
أقول:... من أن معرفة خالق العالم و معرفة النبي صلي الله عليه و آله و الأئمّة عليهم السلام ليستا من أفعالنا الإختيارية و من أنه علي الله بيان هذه الأمور و إيقاعها في القلب بأسبابها و بأن علي الخلق بعد أن أوقع الله في قلوبهم تلک المعارف، الإقرار بها و العزم علي العمل بمقتضاها» (همان، ص 441).
آن چه که گفته شد بر ما روشن مي‌کند که استرآبادي کارکرد عقل را در باب اصول اعتقادات محدودتر از ساير انديش‌مندان و متفاوت از آنها تفسير مي‌کند.
بخش سوم: ديدگاه استرآبادي در باره نقش «عقل» در استنباط از نصوص
هر شريعت الهي را متني است که محلّ رجوع پيروان آن شريعت است براي استنباط و دريافت آن چه که براي سعادتشان بدان نيازمندند. شريعت اسلام را نيز متني است که متشکل است از کتاب الهي، قرآن و سنّت پيامبر صلي الله عليه و آله و ائمّه معصومين عليهم السلام. اساس و شالوده شريعت اسلام کتاب و سنّت است که کليه احکام و عقايد و آداب اين دين بر اساس آن بار يافته است و اين متون، ثابت و استوار و جاودانه و پاسخ‌گوي نيازهاي بشر در زمينه‌هاي گوناگون زندگي است. متون شريعت، صامت و ساکت‌‌اند و بايد استنطاق شوند تا مهر از دهان برگيرند و به سخن در آيند. هر متني ظاهري دارد و باطني، و معناي ظاهري آن از حد ظواهر الفاظ فراتر نمي‌رود و ظاهر الفاظ کاملاً گويا و ناطقند. امّا معاني باطني آنها در وراي حجاب الفاظ است و الفاظ در بيان باطنشان ناتوان‌اند. اين معناي باطني همان است که از آن تعبير به مقصود اصلي گوينده مي‌شود. در دريافت مقصود اصلي گوينده، نمي‌توانيم به صرف ظواهر الفاظ اتّکا کنيم و نيازمند به معارفي يقيني و پيشيني هستيم که بتوانيم با بار کردن آن معارف پيشيني بر ظاهر الفاظ به باطن آنها راه يابيم. از مهم‌ترين ابزارها در رهيافت از ظاهر متن به باطن آن، عقل است و دريافت‌هاي عقلاني هم‌چون چراغي خواهند
