شيخ مرتضى در سلسله حوادثى كه در سال 1323 ق ، رخ داد، و مقدمه اى براى صدور فرمان مشروطه در سال بعد شد، با روحانيان معترض و مشروطه خواه همراه و هم صدا بود. در ماجراى تخريب ساختمان بانك استقراضى روس، در رمضان 1323 ق ، از برانگيزندگان مردم بود. در شوال 1324 ق ، پس از حادثه مسجدشاه، وى و ديگر روحانيان ناراضى تهران، به پيشنهاد سيد محمد طباطبايى، به شهررى مهاجرت كردند و در حرم حضرت عبدالعظيم عليه السلام متحصن شدند. همراهى شيخ مرتضى با مهاجران، عين الدوله، صدر اعظم وقت را، بر آن داشت كه با كمك ميرزا ابوالقاسم امام جمعه و شيخ فضل اللّه نورى، توليت مدرسه خان مروى و امامت مسجد خازن الملك را از تصدى آشتيانى خارج كند. به فرمان شاه، توليت مدرسه را به حاج ميرزا ابوالقاسم، امام جمعه تهران، سپردند؛ و به توصيه شيخ فضل اللّه نورى، امامت مسجد مذكور را به ملامحمدآملى واگذار كردند. يكى از خواسته هاى متحصنان، بازگرداندن توليت مدرسه خان مروى، به شيخ مرتضى آشتيانى بود. پس از آن كه مظفرالدين شاه خواسته هاى مهاجران را پذيرفت، آنان به تهران بازگشتند و شاه درملاقات با آنان، قرار خويش را مؤكد ساخت. چون عين الدوله از برآوردن تقاضاى مهاجران، به ويژه تأسيس عدالت خانه، طفره مى رفت، مجمعى از رهبرانِ روحانى و آزادى خواهان، و از جمله آشتيانى، تشكيل گرديد، تا هم آهنگى لازم براى پيش برد بهتر برنامه ها ايجاد شود.حاج شيخ مرتضى، يك بار نيز به نمايندگى از روحانيان معترض، با صدراعظم، ملاقات و گفت وگو كرد، اما توافقى ميانشان حاصل نگرديد. در جمادى الاولى 1324 ق ، علماى تهران، از جمله آشتيانى، به نشانه اعتراض به برآورده نشدن خواسته هايشان به قم مهاجرت كردند.پس از استقرار حكومت مشروطه، او فعاليت سياسى چندانى نداشت. در دوران استبداد صغير، از نظام مشروطه پشتيبانى كرد و در پاسخ مقلدان خود درباه