بعد از فوت شيخ انصارى، ميرزاى آشتيانى به تهران آمد و مقيم شد. شيخ مرتضى آشتيانى در تهران بعد از سنين رشد، مشغول فراگيرى علم شد و از محضر پدردرس مى گرفت. استعداد و علاقه وافر ايشان به اندوختن معارف الهى و علوم اهل بيت عليهم السلام باعث توجه و اهتمام هر چه بيشتر پدر، نسبت به او شد. او همچنين در سال هاى بعد، در درس حكيم ابوالحسن جلوه شركت مى كرد. ^۱ حاج شيخ مرتضى با خيرالنساء خانم، دختر آية اللّه سيد محمدطباطبايى، روحانى و رهبر بزرگ مشروطه ازدواج كرد. در سال 1312 ق ، ميرزاى آشتيانى به حج مشرف شد و در بازگشت، براى زيارت عتبات عاليات به عراق رفت. در اين سفر، حاج شيخ مرتضى كه جوانى فاضل بود، به توصيه پدر در حوزه علميه نجف اشرف، ماندگار شد و از محضر بزرگانى چون آية اللّه آخوند خراسانى، آية اللّه حاج ميرزا حبيب اللّه رشتى و آية اللّه حاج ميرزا حسينِ حاج ميرزا خليل، در فقه و اصول و شيخ عبدالحسين صالحى در معقول، بهره مند گرديد و مدارج عاليه اجتهاد و فقاهت را طى نموده و در سال 1317 ق ، به ايران بازگشت و به تدريس و تحقيق پرداخت.در سال هاى بعد از پدر، توليت مسجد و مدرسه مروى كه بزرگ ترين مدرسه علميه تهران است و توليت آن با اعلم علماى اين شهر مى باشد به ايشان واگذار شد. همچنين در مسجد خازن الملك به امامت مشغول شد و از آن پس، روز به روز به مقام و موقعيت علمى و اجتماعى او افزوده گشت.حاج شيخ مرتضى، تا سال 1340 ق ، در تهران بود و در اين سال به مشهد مقدس، مشرف شد و در آن حوزه بزرگ، مشغول تدريس گرديد، تا اين كه در سال 1353 ق ، در پى حوادثى كه در مشهد، به جهت مسائل كشف حجاب، روى داد، به حكم اجبار، به شهر رى آمد.مرحوم آشتيانى، در سال 1360 ق ، مطابق با 1320 ش كه رضاشاه از ايران رفت، به عتبات عاليات مشرف شد و دو سال نيز در كربلاى معلى به تدريس پرداخت و پس از